Les avancées technologiques récentes de la biologie autorisent aujourd’hui le recueil en masse de données qui permettent de décrire finement les grandes fonctions du vivant (épigénome, transcriptome, protéome, métabolome…). Ces données participent à une connaissance approfondie des caractéristiques de chaque individu, c’est-à-dire de son phénotype, résultat de l’expression et de la régulation de son génome. Une ontologie de référence nommée ATOL (pour « Animal Trait Ontology for Livestock») a été créée afin de définir et organiser les caractères phénotypiques des animaux d’élevage. Les phénotypes résultant de l’action conjointe du génotype et de l’environnement, une description précise de l’environnement des animaux en élevage est donc également essentielle afin d’avoir des métadonnées de phénotypage les plus explicites possible.
EOL pour « Environment Ontology for Livestock » a été créée pour caractériser, de manière générique, les systèmes et conditions d’élevage. EOL est organisé en 4 thèmes : 1) les systèmes d’élevage 2) les structures d’élevage 3) l’environnement d’élevage et 4) les conditions d’alimentation. Cette ontologie permet ainsi de décrire dans quelles conditions les animaux ont été élevés et ainsi contextualiser les données de phénotypage.
Objectifs:
- Disposer d’une ontologie de référence pour décrire l’environnement des animaux d’élevage et partagée par la communauté scientifique et enseignante internationale
- Disposer d’un langage utilisable par les programmes informatiques (gestion des bases de données, analyse sémantique, modélisation…)
- Avoir des paramètres les plus génériques possibles pour les systèmes d’élevage
- Rendre l’ontologie la plus opérationnelle possible et proche des techniques de mesure
- Structurer la base à des fins de production animale