Domaines d’ATOL

Finalité «Bien-Etre» (M.C. Salaün, curatrice)

Cette finalité repose sur la reconnaissance d'une sensibilité chez l'animal de rente, se manifestant par des capacités perceptuelles, émotionnelles et cognitives. La prise en compte des besoins fondamentaux de nature nutritionnelle, physique mais aussi sociale, apparaît aussi déterminante pour permettre l'expression des comportements propres à l'espèce.  La finalité Bien-Etre constitue un enjeu agronomique et sociétal. En  effet, les conditions de vie des animaux sont associées dans certains cas à une atteinte au Bien-Etre animal. Cette remise en cause des systèmes de production, de type intensif en particulier, constitue un des facteurs de leur évolution vers des conditions d'entretien des animaux plus respectueuses de leur bien-etre.  L'évaluation du Bien-Etre animal se décline sur la base de 5 libertés  (Farm Animal Welfare Council 1995):

  1. absence  de douleur, blessure et de maladie,
  2. absence de peur et détresse
  3. absence de faim, soif et malnutrition,
  4. absence d'inconfort par un environnement adapté,
  5. liberté d’exprimer le comportement normal de l'espèce.

Cette évaluation fait appel à des critères comportementaux, physiologiques, de santé et zootechniques. La finalité "Bien-Etre" de l'ontologie tient compte de ces différents critères, avec une structure en 3 branches principales :

  • "Animal performance traits"
  • "Health traits"
  • "Psychoneuroendocrinological state traits"

 

La branche "Psychoneuroendocrinological state traits" est déclinée en 9 sous parties :

  • behavioural traits
  • biological rhythm traits
  • cognitive function traits
  • emotional function traits
  • metabolism traits
  • pain responses traits
  • reflex responses traits
  • sensory capacity traits
  • stress response traits.

 

Experts :

Le groupe d'experts comporte 11 personnes pour chacune des espèces considérées et les différents niveaux d'approche du bien-être animal : comportement, santé, physiologie, zootechnie : A. Boissy (URH, bovin), MM Mialon-Richard (URH, ovin), C. Duvaux-Ponter (UMR0791, caprin), L Lansade (UMR0085, équin), C Arnould (UMR0085, oiseau), L Fortun-Lamothe (UMR1289, lapin), P.Prunet - V Colson (UR1037, poisson), M Keller (UMR0085, rongeur), P Mormède (UMR0444, multiespèces), J Servière (UMR0791, multiespèces), E. Merlot (UMR1348, porcin).

Croissance et qualité des produits carnés (J. Bugeon, curateur)

Cette partie de l'ontologie recouvre l'ensemble des traits relatifs à la croissance globale des animaux, la qualité de leur carcasse en termes d'état d'engraissement, de développement musculaire (de sa mise en place embryonnaire jusqu'au stade commercial) et la qualité de la viande et des tissus adipeux sur un plan technologique, nutritionnel et sensoriel. Les espèces de rente représentées sont les bovins, ovins, la truite, le lapin, le poulet, la dinde, le porc et les espèces modèles la souris et le zébrafish. Lors de l'élaboration de l'ontologie chaque expert a validé et ajouté des traits pertinents pour son espèce d'intérêt. La hiérarchisation a permis d'établir 5 branches principales:

 

  1. Adipose tissue trait
  2. Carcass quality trait
  3. Growth trait
  4. Meat quality trait
  5. Muscular system trait

 

Experts :

Croissance qualité: Elisabeth.Baeza (URA, Volaille), Jean-Paul.Brun (UMRH, Bovins), Arnaud.Chatonnet (DMEM, Zebrafish), Michel.Duclos (URA, Volaille) Xavier.Fernandez (UMR TANDEM, Lapin), Florence.Gondret (UMR PEGASE, Porc), Catherine.Jurie (UMRH, Bovins) Serge.Leibovitch (DMEM, Souris) , Brigitte.Picard (UMRH, Bovins) Sophie.Prache (UMRH, Ovins)

Développement animé par Isabelle.Hue:  Isabelle.Cassar-Malek (UMRH, Bovins), Pierre-Yves.Rescan (LPGP, Truite), Elisabeth.Baeza (URA, Volaille)

Foie gras (J. Bugeon, curateur)

Cette partie de l'ontologie recouvre l'ensemble des traits relatifs à la physiologie du foie, la production de foie gras et à ses qualités sur un plan technologique, nutritionnel et sensoriel. Les espèces représentées sont le canard et l’oie.

 

Expert :

Xavier Fernandez (UMR GenPhySE, Toulouse, Canard)

Glande mammaire et production de lait (C. Hurtaud, curatrice)

Cette partie de l’ontologie comporte tous les traits relatifs à la description morphologique de la mamelle (en global et au niveau tissulaire) et à sa physiologie (mammogénèse, activité métabolique et de synthèse) et tous les traits concernant la production de lait et de colostrum : éjection, quantité, composition du lait et du colostrum, aptitude technologique, propriétés sensorielles et structure physique du lait.

Les experts des départements PHASE, CEPIA et MICA ayant participé à la construction de cette ontologie sont :

  • Laurence BERNARD (UMR 1213 Herbivores)
  • Frédéric DESSAUGE (UMR 1348 Physiologie Environnement Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage)
  • Eve DEVINOY (UR 1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative)
  • Yves LE LOIR (UMR 1253 Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf)
  • Pierre-Guy MARNET (Agrocampus Ouest UMR 1348 Physiologie Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage)
  • Marie-Christine MONTEL (UR 0545 Laboratoire de Recherches Fromagères)
  • Hélène QUESNEL (UMR 1348 Physiologie Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage)
  • Isabelle VERDIER-METZ (UR 0545 Laboratoire de Recherches Fromagères)

Oeuf (C. Hurtaud, curatrice)

Cette partie de l’ontologie comporte tous les traits relatifs à la formation de l’œuf, sa description morphologique, sa composition (composition de la coquille, du jaune, du blanc et de la membrane vitelline), sa production et sa qualité (technologique, organoleptique et mécanique).

Les experts des départements PHASE et CEPIA ayant participé à la construction de cette ontologie sont :

  • Joël GAUTRON (UMR 0083 Biologie des oiseaux et aviculture)
  • Françoise NAU (Agrocampus Ouest UMR 1253 Science et Technologie du Lait et de l'Œuf)
  • Marc ANTON (UR 1268 Biopolymères Interactions Assemblages)

Nutrition (J. Vernet, curateur)

Cette partie traite de tous les caractères mesurables ou observables reliés à l'ensemble des fonctions par lesquelles l'animal transforme les aliments en nutriments et utilise ces derniers pour son entretien et ses productions.

A ce jour la branche de l’ontologie portant sur la Nutrition-Alimentation, avec pour finalité la compréhension de l’efficacité alimentaire, est composée de cinq sous parties :

  1. morphologie du système digestif qui présente la description anatomique des compartiments digestifs
  2. physiologie du système digestif qui aborde le fonctionnement de  la digestion et l’absorption des nutriments
  3. quantités ingérées qui décrit les caractères liées aux quantités d’aliment et d’eau consommées par l’animal
  4. efficacité alimentaire, efficacité d’un nutriment et recommandation d'apport de nutriment" qui peuvent être illustrées par les définitions suivantes :
    • "l’efficacité alimentaire" est égale aux quantités produites (kg de viande, kg de lait) divisées par les quantités d’aliment ingéré (kg)
    • "l’efficacité d’un nutriment" caractérise le lien entre la quantité de nutriment retrouvée dans les productions et la quantité de nutriment fournie à l’animal
    • "la recommandation d'apport d’un nutriment" décrit globalement la quantité de  nutriment apportée à l’animal pour couvrir de manière certaine ses besoins

 

Experts:

Le groupe d’experts ayant participé à la construction de cette ontologie est composé de : Jacques Agabriel (UMRH, bovin), Jocelyne Aufrère (UMRH, ovin, bovin), Philippe Lescoat (URA, porc, volailles), Didier Micol (UMRH, bovin), Françoise Médale (UR NUMEA, poisson), Diego Morgavi (UMRH, bovin), Agnes Narcy (URA, volailles), Pierre Nozière (UMRH, ovin, bovin), Stéphane Panserat (UR NUMEA, poisson), Jaap van Milgen(UMR PEGASE, porc, bovin).

Reproduction et fertilité (A. Fatet, curatrice)

Cette partie de l'ontologie recouvre l'ensemble des traits relatifs à la reproduction et à l’évaluation de la fertilité des animaux, l’endocrinologie, les spécificités mâles et femelles (anatomie, production de gamètes…), la conception (maturation des gamètes, développement précoce de l’embryon…) et la différenciation sexuelle.

 

La hiérarchisation a permis d'établir 5 branches principales:

  1. endocrine reproductive system trait
  2. female reproductive feature
  3. male reproductive feature
  4. conception physiology
  5. sex determination

 

Experts :

Le groupe d’experts ayant participé à la construction de la branche « Reproduction et Fertilité » de cette ontologie est composé de : Elisabeth Blesbois et Joël Gautron (URA, Volaille), Nadine Gérard et Marianne Vidament (UMR PRC, Équins), Michèle Theau-Clement (UMR GenPhySE, Lapins), Florence Le Gac (LPGP, Poissons), Fabrice Télétchéa (UR AFPA, Poissons), Florian Guillon (UMR PRC, Souris), Rex Scaramuzzi (UMR PRC, Ovins - retraité), Bernard Leboeuf (UEICP, Caprins – retraité).

Les experts ayant contribué au travail sur l’interaction « Reproduction*Développement », co-animé par Isabelle Hue : Olivier Sandra, Béatrice Mandon-Pepin, Eric Pailhoux, Véronique Duranthon (UMR BDR), Marc-André Sirard (Centre de recherche en biologie de la reproduction, Université Laval, Canada).